Ikatan peptida boleh dipecahkan melalui proses hidrolisis (penambahan air). Hidrolisis ikatan peptida dalam air membebaskan 8–16 kJ / mol (2–4 kcal / mol ) tenaga Gibbs . [9] Proses ini sangat perlahan, dengan separuh hayat pada 25 °C antara 350 dan 600 tahun bagi setiap ikatan. [10]

Dalam organisma hidup, proses ini biasanya dimangkinkan oleh enzim yang dikenali sebagai peptidases atau protease, walaupun terdapat laporan mengenai hidrolisis ikatan peptida yang disebabkan oleh ketegangan konformasi apabila peptida/protein melipat ke dalam struktur asli.[11] Oleh itu, proses bukan enzimatik ini tidak dipercepatkan oleh penstabilan keadaan peralihan (transition state stabilization), tetapi oleh ketidakstabilan keadaan asas (ground state destabilization).